员工体检不合格被辞退的处理，可能受特殊情况或例外情形影响：1、入职隐瞒影响工作的健康状况。如食品加工行业员工隐瞒传染性疾病，入职后体检发现，用人单位可依据相关法律认定劳动合同无效并解除劳动关系，此时员工可能无法获违法解除赔偿金。2、对公共安全有重大影响。如高空作业员工患严重高血压，用人单位为保障安全，可能合法解除合同。3、试用期员工体检不合格且不符合录用条件。若试用期体检不合格符合用人单位明确告知的录用条件（如无特定疾病），用人单位可依据《劳动合同法》第三十九条第一项辞退员工，与非试用期处理不同。
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员工体检不合格被辞退存在法律风险点，举例如下：1、违法解除劳动合同风险。如员工患乙肝小三阳但不影响办公室工作，用人单位仍以此辞退，违反《劳动合同法》第四十条，员工可要求支付赔偿金。2、证据链不足风险。用人单位仅口头告知体检不合格，未提供正式报告、证明影响工作能力及已尝试调岗的证据，辞退将承担不利后果。
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员工体检不合格是否被辞退，需结合具体情况判断。通常用人单位不能直接辞退。若员工体检不合格符合《劳动合同法》第四十条第一项：“劳动者患病或非因工负伤，医疗期满后不能从事原工作，也不能从事另行安排的工作”，用人单位提前30日书面通知或额外支付1个月工资后，可解除合同。若未达上述程度，或用人单位未履行调岗等前置程序，直接辞退属违法解除。
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员工体检不合格能否被辞退，我国《劳动合同法》等法律法规有明确规定。《中华人民共和国劳动合同法》（2012修正）第四十条规定：“劳动者患病或非因工负伤，医疗期满后不能从事原工作，也不能从事另行安排的工作的，用人单位提前30日书面通知或额外支付1个月工资后可解除合同。”员工体检不合格若属患病或非因工负伤，仅在医疗期满后既不能从事原工作也不能从事另行安排的工作时，用人单位才有权解除。若仅为一般健康问题不影响工作，或未尝试调岗，直接辞退属违法解除。

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